生きものを動かす星くずが気になる！

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November 15, 23

#分子模型 #3Dプリンタ #タンパク質 #アミノ酸 #川上モデル

スライド概要

日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2023（2023/11/18-19，テレコムセンタービル）におけるecosci.jpブース展示の内容紹介です。詳細および他の企画等については以下をご参照ください。
http://www.ecosci.jp/sccj_sa2023/

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各ページのテキスト
1.

http://www.ecosci.jp/sccj_sa2023/ http://www.ecosci.jp/AF/ 本間善夫（ecosci.jp） 日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2023（2022/11/18-19） 日本コンピュータ化学会2023年秋季年会公開イベント（高松市，2023/11/26） ➢ 模型製作：スタジオミダス http://studio-midas.com/

2.

◆話題の「北海道石」も展示します!! 発見メンバーの田中陵二さんの協力を得て；11/19の13:00-15:00には田中さんが解説 https://resou.osakau.ac.jp/ja/research/2023/20230614_1 http://www.ecosci.jp/chem13/ topics23d.html#06 https://costep.opened.hokudai.ac.jp/like_hokudai/ article/30090 http://www.ecosci.jp/sccj_sa2023/ http://www.ecosci.jp/chem13/topics24d.html#04

3.

◆画期的3Dプリンタ模型で見る星屑；フルカラーで見る結晶ほか “触る”科学の魅力；川上モデル以外の模型も展示 Jmol形式分子は Microsoft Edgeで Internet Explorer モードにして閲覧可能 http://www.ecosci.jp/km/km_ligand.html http://www.ecosci.jp/chem18/crystal2014.html

4.

◆画期的3Dプリンタ模型，川上モデル “触る”科学の魅力；川上モデル以外の模型も展示 ●川上勝，生物物理 55, 104-107 (2015) https://www.jstage.jst.go.jp/article/ biophys/55/2/55_104/_pdf http://www.ecosci.jp/m/ ㊙ スタジオミダス提供の 分子模型製作中の写真 http://www.tkd-pbl.com/book/b146076.html ●川上モデル製作：スタジオミダス http://studio-midas.com/bunshi/

5.

◆水に溶ける? 溶けない? タンパク質の1次構造～4次構造 ヘモグロビンを例に RCSB PDB http://www.pdb.org/pdb/ http://www.ecosci.jp/pdb/hemoglobin_s.html http://www.youtube.com/ watch?v=qBRFIMcxZNM

6.

◆水に溶ける? 溶けない? “水と油”で見る20種類のアミノ酸；展示3Dプリンタ模型 （“鍵と鍵穴”模型も）のアミノ酸着色 アミノ酸 特性基 R O I I/O 酸性・塩基性 極性・非極性 等電点 Ile I イソロイシン 80 0 0.000 中性 非極性（疎水性） 6.02 Leu L ロイシン 70 0 0.000 中性 非極性（疎水性） 5.98 Val V バリン 50 0 0.000 中性 非極性（疎水性） 5.96 Ala A アラニン 20 0 0.000 中性 非極性（疎水性） 6.00 Phe F フェニルアラニン 140 15 0.107 中性 非極性（疎水性） 5.48 Pro P プロリン 60 10 0.167 中性 非極性（疎水性） 6.30 Met M メチオニン 100 20 0.200 中性 非極性（疎水性） 5.74 Cys C システイン 60 20 0.333 中性 極性（中性） 5.07 Trp W トリプトファン 180 130 0.722 中性 非極性（疎水性） 5.89 Tyr Y チロシン 140 115 0.821 中性 極性（中性） 5.66 Lys K リシン 80 70 0.875 塩基性 極性（塩基性） 9.74 Gly G グリシン 0 0 － 中性 非極性（疎水性） 5.97 His H ヒスチジン 80 152 1.900 塩基性 極性（塩基性） 7.59 Arg R アルギニン 80 190 2.375 塩基性 極性（塩基性） 10.76 Thr T トレオニン 40 100 2.500 中性 極性（中性） 6.16 Glu E グルタミン酸 60 150 2.500 酸性 極性（酸性） 3.22 Gln Q グルタミン 60 200 3.333 中性 極性（中性） 5.65 Asp D アスパラギン酸 40 150 3.750 酸性 極性（酸性） 2.77 Ser S セリン 20 100 5.000 中性 極性（中性） 5.68 Asn N アスパラギン 40 200 5.000 中性 極性（中性） 5.41

7.

◆有機概念図発祥の地＝熊本大学薬学部 http://www.sankyo shuppan.co.jp/deta il.php?id=310 ◎Kawakami Model（“鍵と鍵穴”模型も）ではタンパク質中のアミノ酸を有機概念図の http://www.ecosci.jp/ocd/ 無機性・有機性の比（特性基のI/O値）に基づいて着色しています。

8.

◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 性ホルモンと環境ホルモン，PFAS ビスフェノールA “元素・分子が登場する本を読もう！” http://www.ecosci.jp/env/ POPs_WWF_new20.html PFAS汚染問題 http://www.ecosci.jp/PFAS/ JmolトピックNo.1091 http://www.ecosci.jp/chem13/topics22e.html#01 https://news.yahoo.co.jp/ articles/5b2559de6dd75 3ba171397a7b6baa77a7 f357ea7 http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html http://www.ecosci.jp/PFAS/

9.

◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 PFAS問題 PFAS汚染問題 http://www.ecosci.jp/PFAS/ JmolトピックNo.1091 http://www.ecosci.jp/chem13/topics22e.html#01 http://www.ecosci.jp/env/ POPs_WWF_new20.html 東京新聞，2023/09/21 https://www.tokyo-np.co.jp/article/278924 GIGAZINE，2022/08/10 https://gigazine.net/news/20220810 -rainwater-drink/ http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html http://www.ecosci.jp/PFAS/

10.

◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 PFAS・POPs・マイクロプラスチック，“毒” 国立科学博物館 特別展「毒」（2022/11/01-2013/02/19） https://www.dokuten.jp/ http://www.ecosci.jp/chem13/topics24c.html#03 朝日新聞，2023/10/07 https://digital.asahi.com/articl es/ASRB666W2RB6PLZU001.ht ml 新規POPs有害物質リスト http://www.ecosci.jp/env/POPs_WWF_new20.html マイクロプラスチック問題 http://www.ecosci.jp/microplastics/ http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html 「毒」展（Jmolトピック） http://www.ecosci.jp/chem13 /topics24c.html#03

11.

◆川上モデル「鍵と鍵穴」模型 画期的3Dプリンタ模型，川上モデル ●川上勝，生物物理 55, 104-107 (2015) https://www.jstage.jst.go.jp/article/ biophys/55/2/55_104/_pdf http://www.ecosci.jp/ocd/ “鍵と鍵穴”の構造情報を提供しているのがPDBsumサイト https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgibin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=index.html 生物の多彩な機能を担うタンパク質の設計図がDNA http://www.ecosci.jp/ocd/ http://www.ecosci.jp/km/km_pdbsum.html ●川上モデル製作：スタジオミダス http://studio-midas.com/bunshi/

12.

◆AlphaFold/AlphaFold2 /AlphaFillの衝撃 “PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造” https://www.ebi.ac.uk/thorntonsrv/databases/cgibin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=index.html http://www.ecosci.jp/AF/ http://www.ecosci.jp/p450/ 『P450ファミリーの独特の形状は “おにぎり”や“プリズム”に例えられ ます』 https://horomary.hatenablog. com/entry/2021/10/01/194825 …網羅的情報掲載 https://alphafold.ebi.ac.uk/

13.

◆AlphaFold/AlphaFold2 /AlphaFillの衝撃 “PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造” AlphaFold 構 造 と PDB 2V0MのPyMOL による重ね合わせ http://www.ecosci.jp/AF/ 1000万倍 https://www.youtube.com/watch?v= np7ZZ852ezQ …サイエンスアゴラ2021出展動画（ロング版）

14.

◆AlphaFold/AlphaFold2 /AlphaFillの衝撃 FASTA形式によるアミノ酸配列の表記例（P450 3A4） PDB 2V0M_1|Chains A [23-507] MAYGTHSHGLFKKLGIPGPTPLPFLGNILSYHKGFCMFDMECHKKYGKVWGFYDGQQPVLAITDPDMIKTVLVKECYS VFTNRRPFGPVGFMKSAISIAEDEEWKRLRSLLSPTFTSGKLKEMVPIIAQYGDVLVRNLRREAETGKPVTLKDVFGAYSMDVITSTSFGVNIDSLNNPQ DPFVENTKKLLRFDFLDPFFLSITVFPFLIPILEVLNICVFPREVTNFLRKSVKRMKESRLEDTQKHRVDFLQLMIDSQNSKETESHKALSDLELVAQSI IFIFAGYETTSSVLSFIMYELATHPDVQQKLQEEIDAVLPNKAPPTYDTVLQMEYLDMVVNETLRLFPIAMRLERVCKKDVEINGMFIPKGVVVMIPSYA LHRDPKYWTEPEKFLPERFSKKNKDNIDPYIYTPFGSGPRNCIGMRFALMNMKLALIRVLQNFSFKPCKETQIPLKLSLGGLLQPEKPVVLKVESRDGTV SGAHHHH UniProt accession P08684 [1-503] MALIPDLAMETWLLLAVSLVLLYLYGTHSHGLFKKLGIPGPTPLPFLGNILSYHKGFCMFDMECHKKYGKVWGFYDGQQPVLAITDPDMIKTVLVKECYS VFTNRRPFGPVGFMKSAISIAEDEEWKRLRSLLSPTFTSGKLKEMVPIIAQYGDVLVRNLRREAETGKPVTLKDVFGAYSMDVITSTSFGVNIDSLNNPQ DPFVENTKKLLRFDFLDPFFLSITVFPFLIPILEVLNICVFPREVTNFLRKSVKRMKESRLEDTQKHRVDFLQLMIDSQNSKETESHKALSDLELVAQSI IFIFAGYETTSSVLSFIMYELATHPDVQQKLQEEIDAVLPNKAPPTYDTVLQMEYLDMVVNETLRLFPIAMRLERVCKKDVEINGMFIPKGVVVMIPSYA LHRDPKYWTEPEKFLPERFSKKNKDNIDPYIYTPFGSGPRNCIGMRFALMNMKLALIRVLQNFSFKPCKETQIPLKLSLGGLLQPEKPVVLKVESRDGTV SGA

15.

◆AlphaFold/AlphaFold2/AlphaFillの衝撃 Lasker Foundation https://laskerfoundation.org/winners/ alphafold-a-technology-forpredicting-protein-structures/ YouTube https://www.youtube.com/watch?v= 8ihsMydTKI4 GIGAZINE， 2023/11/01 https://gigazine.net/news/20231101deepmind-alphafold-latest-model/ https://www.nature.com/articles/ s41586-021-03819-2 http://www.ecosci.jp/AF/ にリンク情報多数!! https://www.yodosha.co.jp/yodoboo k/book/9784758125727/

16.

◆AlphaFold/AlphaFold2 /AlphaFillの衝撃 AlphaFill構造による3Dプリンタ模型 フェニルエタノールアミンN-メチルトランスフェラーゼ ◎リガンドはPDB 3HCDの ノルアドレナリンの他に 1-アミノイソキノリン アデニン 2-アミノベンゾイミダゾール レゾルシノール など http://www.ecosci.jp/AF/ https://alphafill.eu/ https://www.nature.com/articles/ s41592-022-01685-y

17.

◆AlphaFold/AlphaFold2 /AlphaFillの衝撃 AlphaFill構造による3Dプリンタ模型 ノルアドレナリンが結合 したフェニルエタノール アミン-N-メチルトラン スフェラーゼ 2000万倍 http://www.ecosci.jp/AF/

18.

◆星屑と分子・元素関連ニュース例 “5種類の核酸塩基（ATGCU）と20種類のアミノ酸で生命は支えられている” https://gigazine.net/news/ 20230922-europa-carbondioxide/ https://www.jaxa.jp/press/2023/ 02/20230224-1_j.html ナイアシン（ビタミンB3はナイアシンと ナイアシンアミドの総称） http://www.ecosci.jp/sccj_sa2023/#news http://www.ecosci.jp/BigHistory/ https://www.jamstec.go.jp/ j/about/press_release/2023 0918/

19.

◆目に見えない分子に関心を持ってもらうには? ─サイエンスアゴラへの出展（第1回2006年～2023年まで皆勤；2022年は裏方） https://www.jst.go.jp/sis/scienceagora/2023/ 11/18-19はテレコムセンタービル，11/26は高松で！ 日本コンピュータ化学会 科学コミュニケーション室（分室） http://www.ecosci.jp/sccj_sc/ ※2006～2010年は個人または有志で出展，2011年から 学会メンバーとして参加 https://yamlab.net/news-220723 2022年から新メンバーとして千葉工業大学の 山本典史先生がブース展示参加。